ปี 2283 จักรพรรดิคาร์ลที่ 6 เสด็จสวรรคต ทิ้งให้พระองค์กลายเป็นหม้ายท่ามกลางความขัดแย้งที่ก่อตัวขึ้นจากปัญหาการสืบราชบัลลังก์ ซึ่งในท้ายที่สุดมาเรีย เทเรซา พระราชธิดาพระองค์โต ก็สามารถเข้าจัดการราชสำนักได้อย่างเบ็ดเสร็จและเรียบร้อยได้ แม้ว่ามาเรีย เทเรซาจะสามารถครองราชบัลลังก์ได้ แต่ว่าความสัมพันธ์ระหว่างทั้งสองพระองค์ไม่ค่อยถูกพูดถึงสักเท่าไหร่นัก แม้ว่าทั้งสองคนจะไม่ได้มีเรื่องขัดแย้งกัน แต่ก็ไม่ได้มีความสนิทสนมเท่าไหร่นัก แม้ว่าจักรพรรดินีมาเรีย เทเรซาจะมีความสัมพันธ์ที่ดีกับประชาชนและขุนพระองค์ใต้อำนาจการปกครอง แต่สำหรับจักรพรรดินีเอลีซาเบ็ท พระพันปีหลวงไม่ได้เป็นแบบนั้น จักรพรรดินีมาเรีย เทเรซามักจะแวะไปหาพระมารดาของพระองค์อยู่บ่อยครั้ง แต่ทุกครั้งที่ไปหาจะไปแบบเป็นทางการ และตัวของเอลีซาเบ็ทเองก็มักจะง่วนอยู่กับจารีตดั้งเดิมของราชสำนักสเปนที่พระองค์ยึดถือมา ทำให้ความสัมพันธ์ที่ออกมานั้นมักจะดูเย็นชา และไม่ค่อยเปิดอกพูดจากัน

นอกจากนี้ ในช่วงการปกครองของจักรพรรดินีมาเรีย เทเรซา จักรพรรดินีเอลีซาเบ็ทก็พยายามที่จะแทรกแซงเข้าไปมีบทบาททางการเมืองบ้าง อย่างบันทึกของทูตปรัสเซียที่ทำงานในออสเตรียในช่วงนั้นที่อ้างว่า จักรพรรดินีเอลีซาเบ็ท พระพันปีหลวงนั้น "ทรงมีความต้องการที่จะเข้าไปมีบทบาททางการเมืองมากขึ้นโดยไม่ทำให้ใครสงสัยในเรื่องนี้" แต่ถึงกระนั้นดูเหมือนว่าจะไม่ได้ผลสักเท่าไหร่นัก

จักรพรรดินีเอลีซาเบ็ท พระพันปีหลวง สวรรคตเมื่อวันที่ 21 ธันวาคม 2293 ที่กรุงเวียนนา รวมสิริพระชนมพรรษาได้ 59 ปี